【目的】創建大規模、高質量的雪茄煙草基因組學和表型組學數據，初步探究雪茄煙草種群的遺傳結構，揭示了茄芯和茄衣雪茄煙草種群之間分化的遺傳機制。

【方法】2019年、2020年和2021年連續三年，在山東青島和四川什邡種植全球18個代表性產區的185分種質資源（包括茄芯119份、茄套2份、茄衣60份和多用途4份），進行15種農藝性狀測量、全基因組重測序（以2份烤煙為對照）、種群結構分析和遺傳多樣性分析。

【結果】表明，雪茄煙草種質的農藝特性呈正態分布，具有較大的分散性和變異性，茄衣和茄芯之間的表型存在顯著差異，根據15個農藝性狀，將185個雪茄煙草種質資源分為5個類群，全基因組重測序總共獲得了 2119,142 個?SNP，種群結構分析將185份種質資源分為8組，8個亞組相互具有連續性和滲透性，不同地區的品種相互滲透；茄衣種群是獨立于茄芯種群的馴化，茄衣和茄芯之間的遺傳分化小于粳稻和秈稻，茄衣種群受人工育種的影響更大，潛在的選擇性掃描基因參與了15個重要的生物過程或途徑，這些基因在與單羧酸代謝、吲哚丁酸代謝、RNA加工、酰胺代謝的正調控、細胞對DNA損傷刺激的反應、小蛋白結合的蛋白修飾、次生代謝物生物合成、芳香化合物生物合成、RNA 5'-端、熱適應、細胞對無機物質的反應、產量、質量、生態適應性和抗病性發育增長相關的生物過程中顯著富集。

【結論】雪茄煙草種群具有復雜的層次結構。雪茄煙草種群通過表型可分為6個亞組，通過基因型可分為8個亞組。值得注意的是，在現代育種的影響下，雪茄茄芯種群與茄衣種群的表型存在顯著差異，遺傳分化開始發生，分化系數為0.16。通過選擇淘汰分析，鑒定出一系列馴化選擇基因，涉及雪茄煙草的產量、生態適應性、植株形態、煙葉品質和抗病性。該研究為現代育種過程中雪茄煙草的種群分化和遺傳分化提供了新的見解，將有助于闡明現代雪茄煙草育種過程中種群分化的分子基礎，為未來雪茄煙草品種改良提供適當的雜交親本和寶貴資源。

【基金】中國農業科學院創新工程（ASTIP-TRIC01）、山東省自然科學基金（ZR2022MC145）、中國煙草總公司四川省公司科技項目（SCYC202102、SCYC202302和SCYC202421)

【文獻】Xun Jiang, Jun Wang, Yanqing?Qin, et al.Whole-genome resequencing reveals genetic differentiation in cigar tobacco population[J/OL],Industrial Crops and Products:Volume 210,2024.DOI:10.1016/j.indcrop.2024.118153.